X399-A造型设计与X299 PRIME-A相同，尾部I/O有护罩，其中一组供电散热片位于尾部，由热管相连，南桥硕大散热片辅助M.2 SSD散热，同时拥有RGB幻彩背光灯效，支持AURA SYNC幻彩联动，还提供双路RGB灯条扩展。配置方面，基于EATX板型，搭载X399芯片组，支持最新AMD Threadripper“线程撕裂者”家族处理器，配备8条DDR4—3200MHz（支持四通道，最大128GB）内存槽，4条PCI-Express3.0 X16，PCI-Express2.0 X4和X1，支持三路NVIDIA SLI/AMD CrossFire X多路方案，其中三条PCIE 3.0拥有金属支架屏蔽和加固。
储存扩展提供6个SATA3.0 6Gbps，双M.2 PCIE NVME SSD和一个U.2，其中一个M.2 SSD位于边缘采用垂直方式，而另一个位于南桥散热片下放，可辅助散热降低因高温因降速问题。尾部I/O扩展提供BIOS闪回，8个USB 3.1 GEN1和双USB3.1 TYPE-A/TYPE-C GEN2以及千兆LAN（Intel I211-AT）。
音频方面，搭载“美声大师”REATEK S1220A声卡，PCB切割降噪，搭载日系电容，支持抗阻侦测和DTS环绕音效。主板也支持一键超频，5重防护和3D打印套件。
